Midgar, akademi khusus perempuan, akan terkenal hanya karena tindakannya menerima murid laki-laki pertama dan satu-satunya, Yuu Mononobe. Namun Midgar menonjol karena lebih dari itu: sekolah ini merupakan sekolah khusus untuk sekelompok gadis yang dikenal sebagai D. Masing-masing dari mereka memiliki kemampuan yang sangat kuat dalam menghasilkan materi gelap dan memanipulasinya menjadi persenjataan yang ampuh.
D tidak ada dua puluh lima tahun yang lalu, dan baru muncul setelah sejumlah monster misterius dan destruktif yang dikenal sebagai “Naga” mulai bermunculan di seluruh dunia. Anehnya, sama tiba-tibanya mereka muncul, mereka pun menghilang. Dalam kehancuran mereka, beberapa gadis mulai lahir dengan simbol di tubuh mereka dan kekuatan yang sifatnya mirip dengan yang dimiliki oleh Naga itu sendiri.
Sekarang D bersekolah di sekolah ini, berharap untuk memanfaatkan dan menggunakan kekuatan mereka melawan Naga. Yuu adalah anggota terbaru mereka dan luar biasa karena menjadi satu-satunya D laki-laki yang diketahui ada. Sekarang dia harus menjalin hubungan dengan gadis-gadis di sekitarnya, termasuk saudara perempuannya yang telah lama berpisah dan juga bersekolah di sekolah itu, dan bekerja sama dengan mereka untuk menyelidiki dan melenyapkan ancaman Naga yang kuat.
