Saat itu tahun 2006, dan aula Sekolah Menengah Jujutsu Prefektur Tokyo bergema dengan pertengkaran tak berujung dan perdebatan sengit antara dua sahabat yang tak terpisahkan. Memancarkan kepercayaan diri yang tak tergoyahkan, Satoru Gojou dan Suguru Getou percaya bahwa tidak ada tantangan yang terlalu besar bagi penyihir Kelas Khusus yang muda dan kuat seperti mereka. Mereka ditugaskan untuk mengantarkan seorang gadis berakal sehat bernama Riko Amanai dengan aman ke entitas yang keberadaannya merupakan inti dari dunia jujutsu. Namun, misi tersebut menjerumuskan mereka ke dalam pusaran konflik moral yang mengancam kehancuran persahabatan yang sudah lemah antara penyihir dan manusia biasa.
Dua belas tahun kemudian, pelajar dan dukun berada di garis depan pertahanan melawan meningkatnya jumlah kutukan tingkat tinggi yang lahir dari emosi negatif manusia. Ketika entitas semakin berkuasa, kesadaran diri dan ambisi mereka juga meningkat. Kutukan tersebut bersatu untuk tujuan bersama yaitu memusnahkan manusia dan menciptakan dunia yang hanya berisi pengguna energi terkutuk, dipimpin oleh roh terkutuk kuno yang berbahaya. Untuk mengatasi rintangan terbesar mereka—penyihir terkuat, Gojou—mereka mengatur serangan di Stasiun Shibuya pada Halloween. Dibagi menjadi beberapa tim, para penyihir memasuki pertarungan dengan bersiap mempertaruhkan segalanya demi melindungi orang yang tidak bersalah dan kaum mereka sendiri.
