“Alkimia” adalah ilmu semu yang berupaya menciptakan emas dari berbagai kombinasi. Satu eksperimen menghidupkan makhluk yang disebut “Chemies,” yang disimpan dalam “Ride Chemie Cards” hingga tak sengaja dilepaskan ke alam liar.
Ichinose Hotaro dipercayakan dengan Gotcha Driver untuk mengumpulkan Chemies. Jika beresonansi dengan hati yang baik, Hotaro dapat menyatu dengan mereka untuk menjadi Kamen Rider Gotchard. Namun, Chemies yang dipengaruhi oleh kebencian manusia dapat berubah menjadi monster yang disebut Malgam. Cerita ini mengeksplorasi sifat baik dan jahat saat Hotaro mencoba mengumpulkan mereka semua dan mencegah kehancuran dunia.