Dahulu kala, Kitab Para Leluhur adalah penyalin sejarah, mencatat segala sesuatu yang diketahui manusia; mitos, makhluk, cerita, sains dan teknologi, evolusi manusia, peradaban … Kitab itu dilindungi oleh Pedang Logos, sekte pendekar pedang yang bertugas melindungi buku itu untuk menjaga keseimbangan dunia. Namun, ribuan tahun yang lalu, Megiddo menyerang dan mencoba mencurinya. Akibatnya, Kitab itu lenyap, dan setiap halamannya tersebar di seluruh dunia.
Di masa kini, novelis muda Touma Kamiyama bermimpi tentang dimensi lain, pendekar pedang dan monster keluar dari buku cerita, dan seorang “gadis misterius” meminta bantuan. Mengingat mimpi itu membuatnya merinding, karena tidak tahu apa pun tentang mimpi itu. Suatu hari, sebuah fenomena aneh terjadi tanpa pemberitahuan; sebagian kota menghilang, orang-orang yang dicintai orang-orang menghilang satu demi satu, dan membuat seluruh bangsa menjadi kacau.
Bagian kota yang lenyap itu muncul di dimensi alternatif, yang disebut Wonder World, dimensi tak berujung sebesar halaman buku. Dimensi tersebut adalah rumah bagi makhluk-makhluk ajaib yang menyerang tanpa ragu-ragu, membuat orang-orang ketakutan dan kebingungan. Saat Touma dan Mei terperangkap dalam fenomena ini, serangan tersebut mengingatkan Touma pada mimpinya saat ia diserang oleh monster misterius.
“Aku pasti akan mengembalikan kota ini ke dunia asal!”
Seolah-olah menanggapi keinginannya, Touma memanfaatkan kekuatan Naga merah saat naga itu menyatu ke dalam tubuhnya, mengubahnya menjadi Pendekar Api. Pertarungan antara dunia nyata dan Dunia Ajaib berakhir, dan takdirnya ada di tangannya.